Une drôle d'équipe
Rokuro Okajima, jeune employé japonais d'une grande entreprise, est chargé de voyager sur les mers d'Asie du Sud-Est pour livrer un disque contenant des données secrètes et capitales sur la société pour laquelle il travaille. Malheureusement, son bateau se fait attaquer par une bande de pirates free-lance voulant récupérer son bien et lui-même sera pris en otage sur leur bateau, le Black Lagoon, un vieux torpilleur.
Pensant que sa compagnie va tout mettre en œuvre pour le secourir, il ne s'inquiète pas outre mesure. Ce qu'il ignore, c'est que ses supérieurs ont engagé des mercenaires pour le faire taire et détruire toutes les preuves de l'existence du disque… Au terme de ce premier épisode rocambolesque, il décide d'abandonner sa vie au Japon pour rejoindre l'aventure de ces pirates des temps modernes. La majorité de l'action se déroule dans la ville fictive thaïlandaise de Roanapur (Roanapura) et sur les mers du sud-est asiatique dans les années 1990. Roanapur est une ville dans laquelle les criminels (voire psychopathes) sont sur-représentés. La ville est un « melting-pot du crime ». Sa population et les personnages de l'histoire ont des origines diverses (Rokuro Okajima est japonais, Revy est sino-américaine, etc). La police y est corrompue (par exemple, Watsup). Plusieurs organisations criminelles sont présentes. La mafia russe domine la ville, mais laisse un peu de place à d'autres groupes tels que les Triades chinoises. La deuxième moitié de la saison 2 se déroule au Japon. Bien que secondaire dans l'histoire, tout un contexte géopolitique fictif est mis en place au fur et à mesure des épisodes.